Indhold

• Softwareoversigt
• Understøttede filtyper
• Primær filudvidelse
• Andre filudvidelser brugt af Integrated Genome Browser 9

Version (fra den 6/29/2016)	9
platforme
Licens	Åben kilde
Kategori	Videnskabelig

Mere info (besøg udgiverens hjemmeside)

Bedømmelse: 2.8 / 5 (6 Stemmer)

Softwareoversigt

Hovedtræk

• Understøtter forskellige genomformater som GenBank og FASTA
• Interagere med data med zoom og panorering animationer
• Få adgang til og indlæs genomer fra QuickLoads websteder
• Transform data til forskellige grafformer
• Del data med samarbejdspartnere via Dropbox
• Installer plugins for yderligere funktionalitet

Integreret Genome Browser (IGB) er et open source-program, der bruges til at se og udforske store genomiske datasæt. Du kan se forskellige dataformater, interagere med dine data, oprette grafer, gemme dine oplysninger som billeder og dele data med samarbejdspartnere.

IGB giver dig mulighed for at se data fra annoteringer og justerede sekvenser. Programmet understøtter en række forskellige formater som FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband og GenBank. Du kan tage data og omdanne det til en række grafformer, herunder fejlparametre for at fremhæve dataforskelle og dybdediagrammer til visning af dækning. Du kan også interagere med dine data via IGBs zoom- og panorering animationer.

IGB giver dig mulighed for at få adgang til og indlæse genomer fra QuickLoads websteder, som er enkle systemer til mapper, sekvenser og andre datafiler til visualisering. IGB giver avanceret funktionalitet med plugin support for at tilføje funktionalitet og workflow automatisering gennem brug af scripts. IGB giver dig også avancerede funktioner til deling af dine data, uanset om det offentliggøres som et højkvalitets JPEG, PNG eller SVG-billede eller lagrer data i Dropbox for at give dine medarbejdere adgang til dit projekt.

IGB bruges primært af universitetsforskere, biologer og bioinformatikere. Det giver avancerede værktøjer til at åbne en række genoomdataformater, visualisere data som forskellige grafer og dele data med samarbejdspartnere. Desværre er programmet afhængig af tilskud til fortsat udvikling, hvilket betyder, at støtte til ansøgningen kan ophøre når som helst. Imidlertid er Integrated Genome Browser stadig et brugbart, brugerdefineret program til brugere, der søger at udforske og analysere deres genomdata.

Understøttede filtyper

Primær filudvidelse

.XML - XML-fil

Andre filudvidelser brugt af Integrated Genome Browser 9

Understøttede filtyper
.SENG	UCSC BED Annotation Track File
.DAS	DeltaMaster Analysesession
.FA	FASTA formateret sekvensfil
.FAS	FASTA sekvensfil
.FASTA	FASTA sekvensfil
.GB	GenBank Data File
.SGR	SGR Genome Data File
.USEQ	USeq Genome Data File